Крыша у домов была деревянно-земляной. Ее остатками является слой глины толщиной до 30 см, часто смешанный с углем, лежащий в заполнении котлованов. Принимая во внимание тот факт, что во многих полуземлянках столбовые ямы находятся посредине более узких стен, есть основания полагать, что в большинстве случаев крыша была двускатной. В центре она поддерживалась коньком, а по краям - столбами, расположенными по периметру стен.

Встречаются землянки и без столбовых ям. Например, на поселении Кодын Коломенского района раскопана полуземлянка 21 (размеры ее 2,3 X 2 м), в которой не было столбовых ям, но вдоль материковых стен лежали обугленные бревна - остатки сгоревших деревянных стен. Их нельзя принять за остатки сруба, так как хорошо сохранившаяся печь-каменка, расположенная в северо-восточном углу помещения, плотно примыкала к материковым стенкам, не оставляя места для бревен. Вполне можно согласиться с исследователем древностей к юго-востоку от Москвы П. А. Раппопортом, который заметил, что «отсутствие столбовых ям еще не предопределяет наличие срубной конструкции»